Rezerwaty przyrody
Obszary chronionego krajobrazu
Obszary Natura 2000
Nadleśnictwo Szczebra położone jest w zasięgu następujących obszarów Natura 2000, zatwierdzonych przez Komisję Europejską i polski rząd: PLB200002 – Puszcza Augustowska, PLH200005 – Ostoja Augustowska, PLH200022 – Dolina Górnej Rospudy.