Nadleśnictwo Szczebra objęte jest certyfikatem PEFC o numerze BVCPL/PEFCFM/11/1 obowiązującym od 14.11.2023r do 13.11.2026r. oraz certyfikatem FSC o numerze SGSCH-FM/COC/008962 ważnym od 15 września 2024 roku do 14 września 2029 roku.

PEFC Council (Programme for the Endorsement of Forest Certification Schemes - Program Zatwierdzenia Systemów Certyfikacji Leśnej) jest niezależną, pozarządową organizacją non-profit, założoną w 1999 roku, której głównym celem jest promocja trwale zrównoważonej gospodarki leśnej przez certyfikację wykonywaną przez jednostki niezależne. W Polsce prace nad stworzeniem krajowych struktur, jeszcze w ramach Paneuropejskiego Systemu Certyfikacji Leśnej, podjęto w 2003 r. W skład polskiej grupy inicjatywnej wchodziło 35 podmiotów oraz organizacji działających w obszarze leśnictwa i przemysłu drzewnego. Inicjatorem procesu tworzenia krajowych standardów PEFC były Lasy Państwowe oraz Rada PEFC Polska. Od listopada 2003 roku Rada PEFC Polska, która działała w ramach struktur Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Leśnictwa i Drzewnictwa (SITLiD) stała się członkiem PEFC Council. W marcu 2008 roku polskie krajowe standardy PEFC zostały uznane na forum międzynarodowym, a oficjalna ich akredytacja nastąpiła w październiku 2008 r. w Canberrze w Australii. W 2009 roku nastąpiło przeniesienie członkowstwa w PEFC Council z SITLiD do IBL ( Instytut Badawczy Leśnictwa ), co zostało zatwierdzone decyzją Walnego Zgromadzenia PEFC Council w Paryżu, w dniu 13 listopada 2009 roku.
Proces certyfikacji gospodarki leśnej w systemie PEFC w RDLP Białystok rozpoczął się w lipcu 2011 roku, który objął wszystkie 31 nadleśnictw. Pierwszy audyt przeprowadzony został przez Urząd Dozoru Technicznego w październiku 2011 roku, który zakończył  się rekomendacją do udzielenia certyfikatu PEFC. W dniach 07-10.10.2014 firma SGS Polska Sp. z o.o przeprowadziła kolejny audyt. Obecnie certyfikacji dokonał Urząd Dozoru Technicznego. Certyfikat PEFC ważny jest do 13/11/2023.

Od 17 kwietnia 2018 roku nadleśnictwa Białowieża, Browsk i Hajnówka zostały wycofane z zakresu certfikatu PEFC w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie nr C-441/17 z dnia 17 kwietnia 2018 roku.